社伝によれば御創建は、白鳳9年（680年）と伝えられ、この横山は閉伊川の上流から洪水で流されて来た山と言われる。

寛弘3年（1006年）、阿波の鳴門が、突然鳴動し怒涛逆巻く天変地異が起こり、帝は諸国にお布令を出しこれを鎮めようとした。当宮の禰宜も、これを鎮めようと日夜祈祷をしたところ、一首の和歌を得ることができた。禰宜は、早速この和歌を御神歌と感じ、阿波の鳴門に赴いた。

山畠に　作りあらしの　えのこ草　阿波の鳴門は　誰かいふらむ

と詠じると、たちまち怒涛はやみ、元の静かな海にもどった。帝は、これを大いに喜び、禰宜を召して八幡宮の様子をお尋ねになった。 禰宜は、これに和歌をもってこたえ、

我が国に　年経し宮の　古ければ　御幣の串の　立つところなし

と神古びた様子を申し上げたところ、帝はその歌に御感あって、「宮の古ければ」の一節をとり、「都（華洛）」と異字同訓の「宮古」という地名を禰宜に賜った。以来、この閉伊の湊町 を「宮古」と言うようになった。

文治4年（1199年）、源九郎判官義経公、平泉を逃れ当宮に参籠。大般若心経百巻を奉納した。家臣の鈴木三郎重家は、老齢のためこの地に残り「近内」に住み、当宮の宮守となった。この縁により現在でも、例大祭にはこの地区より神幸祭行列の供奉が慣例になっている。

この横山は、中世の城舘であり、閉伊川をはさんだ南北の要害の地であり、また、和歌を詠む絶景の場所でもあった。「宮古八景」の一つと数えられ、短歌や漢詩など文学作品が多く残されている。盛岡の寺子屋では、「八幡山」という謡曲も謡われ、学問技芸の神様として遠く世に知られ、広く信仰を集めている。

御神徳は、阿波鳴門の縁記により（交通安全、旅行安全、厄祓、航海安全、大漁満足、無病息災）などに特に霊験あらたかで、近郷近在はもとより全国各地から篤い信仰を受けている。